Al igual que ocurre con los dibujos, lo más valioso de la colección del Prado son las estampas de Goya. El Museo estampas de la primera serie del artista, Las pinturas de Velázquez, y de las series posteriores, Los Caprichos, Los Desastres, La Tauromaquia y Los Disparates.

Otras estampas españolas dignas de destacar son las de Mariano Fortuny, muchas de ellas relacionadas con su estancia en Marruecos, las dos series de Ensayos de Grabado al aguafuerte de Carlos de Haes, y varias de Joaquín Pi I Margall, La Iliada, La Odisea, Los Días y la Teogonía o La Divina Comedia.

Realizadas en España por diferentes artistas son las colecciones de Las Pinturas del Casón del Buen Retiro, La Colección litográfica de los Cuadros del Rey de España, Los cuadros selectos de la Real Academia de San Fernando y El Grabador al aguafuerte.

Del conjunto de estampas de escuelas extranjeras, el Museo conserva cuatro de Alberto Durero, Combate entre la virtud y el placer en presencia de Hércules, La penitencia de San Juan Crisóstomo, Los cuatro ángeles detienen los vientos y San Miguel venciendo al dragón, las dos últimas pertenecientes a la serie del Apocalipsis.

También existen en el Prado estampas de Antón Van Dyck, Annibale Carraci, Rembrandt o Giambattista Tiepolo. De éste último artista el Museo posee las diez estampas de la colección Vari Capricci editada en 1785.