Aunque hubo una estrecha relación entre España y el Imperio en tiempos de los Habsburgo, la escuela alemana está escasamente representada en el Prado. Pese a ello, entre las pinturas que posee el Museo, en su mayoría procedentes de la Colección Real, se encuentran obras capitales de su artista más destacado, Alberto Durero. Y ellas se suman las que realizó en el siglo XVIII como pintor de corte de Carlos III, Antón Rafael Mengs, otro de sus pintores más emblemáticos.

Por lo que se refiere al siglo XVI, se conservan en el Prado cuatro obras maestras de Alberto Durero, el Autorretrato, Adán y Eva y Retrato de un desconocido, que llegaron al Alcázar de Madrid en tiempos de Felipe IV. A la colección de Felipe II pertenecieron las dos magníficas tablas de Hans Baldung Grien, La Armonía o las tres gracias y Las Edades y la Muerte y las dos de Lucas Cranach el Viejo con las Cacería en honor de Carlos V en el castillo de Torgau y Cacería en honor de Fernando I, Rey de Romanos, en el castillo de Torgau.

Sin duda, el mayor número de obras, realizadas ya en la segunda mitad del XVIII, corresponde a Mengs, del que se exponen en el Museo magníficos retratos de las cortes de España, Nápoles y Toscana, algunos de ellos infantiles, un Autorretrato y varias obras de carácter religioso.