La tercera sección, bajo el título La Real Armería en la pintura de corte del siglo XVII, muestra las diferentes fases por las que transcurre la relación entre los fondos de la colección de La Real Armería y el retrato cortesano, desde su estrecha vinculación a la imagen del poder real hasta su uso como un mero repertorio aplicable a diversos tipos de pinturas desde el segundo tercio del siglo XVII. Durante este período, las armas y su imagen transmitida por Carlos V y Felipe II siguen siendo fuente de inspiración para algunos retratos reales –Felipe II a caballo de Rubens o Carlos II con armadura de Carreño de Miranda- , pero también estas armas son recurrentes como colección abierta a las necesidades de la corte para los retratos de nobles como los del Conde de Benavente de Velázquez y del II Marqués de Santa Cruz en el Socorro de Génova de Pereda, obra recientemente restaurada, o el del Conde Duque de Olivares en la Recuperación de la Bahía de Todos los Santos de Maíno. En ellos aparecen posando con las armaduras del “Felicísimo Viaje”, y con el estoque de ceremonia de los Reyes Católicos.