En marzo de 1938, ante el inminente corte de comunicaciones entre Valencia y Cataluña, el Gobierno de la República ordena el traslado del Tesoro Artístico depositado en Valencia a Figueras. Un mes después, las Juntas de Protección cambian su adscripción al Ministerio de Hacienda, y aunque continúan siendo responsables directas de la pervivencia del legado cultural, acusan las contradicciones impuestas por las nuevas disposiciones políticas. Poco antes de la caída de Cataluña, ya en 1939, el Comité Internacional para el Salvamento de los Tesoros de Arte españoles y la Junta Central logran un acuerdo con el Gobierno de la República para la evacuación del Tesoro Artístico a la sede de la Sociedad de Naciones en Ginebra hasta que finalizara la guerra. Las obras llegan a Ginebra el 14 de febrero de 1939 y, tras su inventario, se entregan al Gobierno de Burgos, que autoriza al Museo de Arte e Historia de la ciudad exponer durante el verano las obras maestras del Museo del Prado. El 9 de septiembre regresan a Madrid, una semana después del inicio de la segunda guerra mundial.