La nueva arquitectura permite al Museo disponer de los espacios y las instalaciones adecuadas para el desarrollo tanto de su actividad interna de conservación y custodia de una de las más excelentes colecciones de arte del mundo, como de su actividad externa en relación con el público que lo visita o participa en sus actividades.

La ampliación rehabilita el uso de la entrada principal del edifico Villanueva, la llamada puerta de Velázquez, al conectar este acceso de forma directa con la ampliación a través de la gran sala basilical, convertida en hall de distribución para la visita a la colección. Junto a esta, dos nuevas entradas dan acceso a un amplio vestíbulo que conecta los dos edificios y donde se sitúan los principales servicios de atención al visitante, así como las nuevas tienda y cafetería. Por su parte, el desarrollo de la actividad expositiva y cultural del Museo se amplía extraordinariamente con la dotación de nuevos espacios para la celebración de exposiciones temporales y un nuevo y moderno auditorio. Al disponer de un acceso diferenciado desde el vestíbulo creado por la ampliación, el visitante podrá encontrar una oferta complementaria de actividades durante el horario de apertura del Museo. El nuevo edificio dedica una parte importante de su extensión a alojar departamentos y servicios que garantizan la conservación y la movilidad de sus colecciones (talleres de restauración, laboratorios, gabinete de dibujos y grabado y depósitos de las colecciones no expuestas).

La ampliación de los Jerónimos posibilita la recuperación de una cuarta parte de espacio en el Museo. Esta otra ampliación permite extender más la presentación de la colección, así como que servicios tan fundamentales como el Área de Educación dispongan de un espacio idóneo de ubicación.