Juan de Escobedo era secretario de Don Juan de Austria, siendo éste Gobernador General de los Países Bajos. Al descubrir las intrigas de Antonio Pérez con los flamencos, envió a Escobedo a Madrid para recabar mayores apoyos en su política flamenca. Pérez consideró peligroso al recién llegado, temeroso de que descubriera su doble juego, por lo que don Antonio convenció al rey de que Escobedo era el instigador de una posible traición de don Juan y se decidió su eliminación. Escobedo fue asesinado en el callejón de la Almudena de Madrid el 31 de marzo de 1578. Este error político fue rápidamente aprovechado por los enemigos de Pérez que encendieron la sombra de la duda en Felipe II. Se inició una investigación en la que se descubrió la culpabilidad del secretario. El rey relevaba a Pérez por el anciano Granvela y ordenaba su detención y encarcelamiento el 28 de julio de 1579.