Figura de medio cuerpo y vista de perfil de san Francisco de Asís en el interior del eremitorio donde se retiró en 1224. Las manos extendidas del santo muestran los estigmas que acaba de recibir mientras contempla la visión celestial de Cristo crucificado, surgida en el ángulo superior izquierdo. La composición y actitud del personaje son muy similares a una de las variantes de la estigmatización franciscana creadas por el Greco a finales de los años ochenta, la que Wethey bautizara como variante III o tipo El Escorial, en la que san Francisco aparece con la capucha del hábito cubriendo la cabeza y la mano izquierda más extendida, mostrando la huella cristológica. En esta pequeña obra, la cabeza del santo está descubierta, las manos más próximas entre sí y es la palma de la derecha la que evidencia la imposición estigmática que acaba de vivir san Francisco. Se ha incorporado a la escena una calavera que reposa cercana al santo, en un segundo plano pero destacada por situarse entre las manos del santo. Esta presencia incluiría la visión del santo reflexivo, pensativo sobre la muerte, y que conforma un pasaje narrativo inmediatamente posterior al de la estigmatización, y que también fue tratado con éxito por el Greco, convirtiéndose en uno de los temas fundamentales de la religiosidad barroca española (Texto extractado de Ruiz, L.: El Greco en el Museo Nacional del Prado. Catálogo razonado, Museo Nacional del Prado, 2007, pp. 245-247).