Cobijado en una cueva, san Francisco de Asís se arrodilla pensativo al tiempo que acoge entre sus manos estigmatizadas una calavera. El santo arrodillado sobre una suerte de pedestal pétreo que le eleva con respecto al hermano León. Éste está representado a la derecha del santo, arrodillado igualmente y en escorzo, en actitud orante mientras contempla la calavera, objeto que centra la composición.