Tras la escuela española, por calidad y cantidad, la flamenca se sitúa casi a la par que la italiana, con más de mil cuadros y, como ella, con gran parte de sus fondos provenientes de la Colección Real. La pintura de los siglos XV y XVI está excepcionalmente bien representada en el Museo del Prado. Aunque los Países Bajos formaron parte de la corona española desde el siglo XVI, el interés que sintió Felipe II por la pintura flamenca primitiva, justifica que el monarca adquiriera algunas obras maestras de sus pintores más relevantes, desde van der Weyden a El Bosco, sin excluir pinturas de autores posteriores como Patinir. Y a ellos hay que sumar los que trabajaron para el monarca como el gran retratista Antonio Moro. No debe sorprender, por tanto, que el Prado conserve obras de los autores más importantes de esta escuela, -salvo excepciones como Jan van Eyck o Hugo van der Goes- como Roger van der Weyden, Robert Campin, Dirk Bouts, Hans Memling, El Bosco, Joachim Patinir, Pieter Bruegel o Antonio Moro, la mayoría procedentes de los Sitios Reales, pero también algunas de ellas adquiridas en legados como la Virgen con el niño de Weyden, que ingresó en el Museo en 1930 como parte del legado de Don Pedro Fernández Durán.

Habiendo permanecido los Países Bajos del sur dentro del ámbito de España, tras la separación de los del norte –la actual Holanda- en 1581, tampoco es de extrañar que en la Colección Real figuraran obras de los pintores flamencos más relevantes del siglo XVII, al ser súbditos de los monarcas hispanos. De importancia capital es la serie de obras que el Prado posee de Rubens, más de noventa, muchas de ellas verdaderas obras maestras, entre las que se cuentan algunas de las que llevó a cabo en España durante las dos visitas que el pintor realizó en 1603 y 1628. Las pinturas de sus discípulos Van Dyck y Jordaens completan el conjunto de los autores de mayor renombre de la pintura flamenca del siglo XVII, aunque no faltan otras de Jan Brueghel de Velours, Paul de Vos o David Teniers, muy bien representados en el Museo.