Cuando el Gobierno de Burgos toma posesión del Tesoro Artístico, inicia los preparativos para su retorno. Mientras las obras seleccionadas para la exposición se trasladan al Museo de Ginebra, el resto se conduce al Palacio de Exposiciones, de donde parten las primeras expediciones de vuelta: el 10 de mayo y 14 de junio de 1939. Las obras que componían la exposición salen de Ginebra el 5 de septiembre, dos días después de iniciarse la segunda guerra mundial. Transportado en tren, el convoy tuvo que retrasar su marcha para dar paso a unidades militares, así como para reacondicionar su carga. Finalmente, el 9 de septiembre el Tesoro Artístico llega a la Estación del Norte en Madrid y desde allí, se traslada al Museo del Prado. Las obras maestras que dejaron el Museo a partir noviembre de 1936, regresan sin apenas pérdidas en su largo y discutido viaje.