Muchas de las obras de arte al cuidado de la Junta, especialmente pinturas, presentaban problemas de conservación: las que habían sufrido agresiones iconoclastas anticlericales, las oscurecidas por el tiempo y falta de cuidados y las que mostraron los terribles efectos de la alta humedad y falta de aireación sobre las capas pictóricas. Estas obras, y otras muchas que lo requirieron, fueron restauradas en el taller del Museo del Prado y en el que la Junta Central habilitó en Valencia, también con restauradores del Prado. Previamente a la salida de obras hacia Valencia, y posteriormente Cataluña, se realizaban informes sobre el estado de lienzos y tablas acompañados de fotografías, y se determinaba si el traslado podía ser perjudicial o no. Aquellas pinturas delicadas que, pese a los informes negativos, se trasladaron fueron preparadas previamente por los restauradores del Museo.