La Junta de Madrid visitaba edificios de propiedad eclesiástica o particular que albergaban bienes de interés cultural, y establecía la mejor manera de protegerlos: bien in situ reuniéndolos tras su inventario en habitaciones precintadas, o bien trasladándolos a diferentes depósitos —San Francisco el Grande, Santa Bárbara, museos nacionales del Prado, Arqueológico y Arte Moderno, y Biblioteca y Archivo Histórico Nacional—. En estos depósitos, la Junta conservó más de 20.000 cuadros, esculturas y objetos, así como numerosas bibliotecas y archivos, catalogados y con indicación del propietario, lo que facilitó su posterior devolución. En 1937, la Junta realiza el traslado de bienes en peligro por su cercanía al frente de batalla: la Real Armería y Biblioteca de Palacio se trasladaron al Museo del Prado, y los bienes depositados en San Francisco el Grande al Museo Arqueológico.