Debido a imperativos logísticos, la protección de monumentos —como las fuentes de Cibeles, Apolo y Neptuno— y portadas escultóricas de edificios, estuvo a cargo, inicialmente, de la Comandancia de Obras y Fortificaciones y, desde la primavera de 1937, del Comité de Reforma, Reconstrucción y Saneamiento de Madrid, en el que la Junta del Tesoro Artístico estaba representada con varios de sus arquitectos. Así mismo, la Junta prestó apoyo técnico y material a los directores y conservadores de diferentes museos de Madrid, para la preservación de sus inmuebles y los bienes que custodiaban: museos de Artes Decorativas, Cerralbo, Naval, Ciencias Naturales... También se tomaron medidas de emergencia en los monasterios de la Encarnación y Descalzas y otros edificios religiosos en custodia.