La Biblioteca conserva un fondo de manuscritos pequeño, unas cuarenta piezas fechables entre los siglos XV y XX, pero con algunas obras de notable interés, como los Discursos Practicables del Nobilísimo Arte de la Pintura, de Jusepe Martínez (Ms/28), el Tratado de Anatomía Pictórica de Antonio María Esquivel (Ms/1) o el Comentario de la Pintura y Pintores Antiguos de Felipe Guevara (Ms/8).