El conjunto monasterial de San Jerónimo el Real contó con dos claustros. El primero y más antiguo de ellos, destruido entre 1855 y 1856, y un segundo claustro renacentista, levantado en el siglo XVI para usos religiosos y profanos que ocupó el lugar donde poco más de un siglo después de su construcción se levantó el claustro de fray Lorenzo de San Nicolás en sustitución del mismo. Este segundo claustro barroco es el que ha llegado hasta nuestros días con la popular denominación de Claustro de los Jerónimos.

Al igual que el resto del monasterio, el claustro de fray Lorenzo sufrió durante los siglos XIX y XX tal vaivén de propietarios, usos, proyectos y actuaciones que había quedado reducido solo a su esqueleto. Por suerte, la parte más hermosa e interesante todavía era susceptible de ser recuperada para fines tan nobles como su integración dentro de la ampliación del Museo del Prado.