Los biógrafos de Miguel Ángel, Vasari y Condivi, narran que al volver de Bolonia a Florencia en 1495 su primer encargo fue una estatua en mármol de un San Giovannino hecha para Lorenzo di Pierfrancesco de Médicis (primo de Lorenzo el Magnífico) que hoy se identifica con esta. En lugar de seguir el modelo del San Juan Bautista de Donatello (Florencia, Museo del Bargello) como hacían los demás escultores florentinos, Miguel Ángel representó al santo más joven, como un niño de unos 6 o 7 años. Siguiendo el ejemplo de la escultura helenística griega, apoya la pierna izquierda sobre una roca y al doblarla ligeramente crea unas elegantes líneas oblicuas, un recurso estético que el artista utilizaría en diversas obras. Los brazos doblados, la cabeza ligeramente inclinada y el énfasis en el cuerpo desnudo recuerdan modelos de la escultura clásica, tan admirada por Miguel Ángel. Se perciben semejanzas compositivas evidentes entre esta y otras obras del maestro, como el pequeño san Juan Bautista en el cuadro inacabado conocido como la Madonna de Manchester (Londres, National Gallery, 1495-1496) y la escultura de Baco con sátiro del Museo del Bargello (1497-98).