Discípulo de Jacopo Pontormo (1494-1556) hasta la muerte de éste, hacia 1560 se trasladó a Roma, regresando poco después a Florencia para trabajar, como muchos otros artistas, principalmente para la familia Médicis bajo la supervisión de Vasari (1511-1574). Entre las obras realizadas en esta época están las decoraciones para las exequias de Miguel Ángel en 1564, y al año siguiente para la boda de Francesco I de Médicis con la archiduquesa Juana de Austria. Naldini fue también el ayudante de Vasari en la decoración del 'studiolo' y de la Sala del Cinquecento del Palazzo Vecchio. Sin embargo, su colaboración terminó cuando en 1571 Naldini rechazó la invitación de Vasari para trabajar en Roma. No obstante, regresó a dicha ciudad a finales de la década de 1570 para realizar, junto a Giovanni Balducci (ca. 1560-post. 1631) los frescos sobre la 'Vida de San Juan Bautista' (1577-80) en la Capilla Altoviti en la iglesia de S. Trinità dei Monti. También con Balducci trabajó en 1590 en la 'Presentación de la Virgen' de la catedral de Volterra (Turner, N.: Dibujos italianos del siglo XVI, Museo Nacional del Prado, 2004, p. 128).