El arte de Alejo Fernández se enmarca, como el de otros pintores de su generación, en el estilo noreuropeo, viéndose en él un cierto expresionismo de raíz alemán, y mostrándose receptivo en muchos detalles a los hallazgos provenientes de Italia, sobre todo en el terreno de la arquitectura. En esta obra, los personajes se insertan con cierta torpeza en una arquitectura inspirada en parte en un grabado de Donato Bramante (1444-1514). En el patio de un palacio parcialmente en ruinas, Cristo está atado a la columna, rodeado por tres sayones que lo flagelan y uno más que le tira del pelo. A la derecha, hay un soldado romano que lleva la túnica de Jesús sobre la armadura y la vara que le impusieron como cetro, y bajo él, un ciego que representa la ceguera simbólica de los judíos (Juan 9,39-41). Algunos de estos judíos discuten entre sí en el lado izquierdo, mientras que Poncio Pilatos y el grupo de personas situadas en la terraza, encima de los arcos de medio punto, contemplan la escena principal de la Flagelación. En la esquina inferior derecha del cuadro está la flor de lis de la colección de Isabel de Farnesio (Texto extractado de García-Máiquez, J.; Garrido, C.: El trazo oculto: dibujos subyacentes en pinturas de los siglos XV y XVI, Museo Nacional del Prado, 2006, p. 230).