El arte de Alejo Fernández se enmarca, como el de otros pintores de su generación, en el estilo noreuropeo, viéndose en él un cierto expresionismo de raíz alemán, y mostrándose receptivo en muchos detalles a los hallazgos provenientes de Italia, sobre todo en el terreno de la arquitectura. Los personajes de esta obra, que recuerdan a los del grabado de La Flagelación (ca. 1470-75, Lehrs, n. 22) de Martin Schongauer-, se insertan con cierta torpeza en una arquitectura inspirada en parte en un grabado de Donato Bramante. En el patio de un palacio parcialmente en ruinas, Cristo está atado a la columna, rodeado por tres sayones que lo flagelan y uno más que le tira del pelo. A la derecha, hay un soldado romano que lleva la túnica de Jesús sobre la armadura y la vara que le impusieron como cetro, y bajo él, un ciego que representa la ceguera simbólica de los judíos (Juan 9, 39-41). Algunos de estos judíos discuten entre sí en el lado izquierdo, mientras que Poncio Pilatos y el grupo de personas situadas en la terraza, encima de los arcos de medio punto, contemplan la escena principal de la Flagelación.

El estudio del dibujo subyacente nos hace determinar una serie de fases a través de las cuales Alejo Fernández fue elaborando el planteamiento general de la composición. En primer lugar, el artista realizó un dibujo preparatorio, seguramente sobre papel o pergamino, tomando para la parte derecha de la arquitectura, como ya hemos mencionado, el esquema del templo que aparece en el grabado conocido con el nombre de Incisione Prevedari, realizado en 1481 a instancias de Bramante, mientras que para la izquierda, ideó un soportal de arcos de medio punto, un trono y algunas de las figuras principales que nada tienen que ver con el grabado. Éste le sirvió como punto de partida de ciertas ideas constructivas y espaciales, aunque simplificó y redujo la escenografía, eliminando partes enteras de la estructura, como un friso o una fila de columnas, además de algunas decoraciones.

Mediante la técnica del estarcido el pintor pasó a tabla este contenido en un dibujo preparatorio, realizado presumiblemente por él mismo. En este mismo momento realizó el grupo de judíos de la izquierda, el ciego de la esquina inferior derecha, los personajes centrales que escenifican la Flagelación, el enlosado del suelo, la galería con arcos de medio punto y parte del trono del rey Pilatos, ya que también observamos los puntos negros del estarcido en los contornos de estas figuras y elementos.

Después de agujerear los contornos del dibujo preparatorio para la transposición, unió a pincel los puntos de carbón producidos por el estarcido sobre la tabla, con una materia muy diluida. Existen cambios importantes entre el dibujo subyacente de la obra y la pintura definitiva. El trazado inicial del suelo no se corresponde con el visible, ya que el enlosado se extendía por la zona al aire libre de la izquierda, con un despiece distinto de la solería de las dos mitades. Incluso debajo de las escaleras que conducen al trono y de los mantos de los judíos aparecen los puntos del estarcido que prefijaban un desarrollo mayor de la cuadrícula del suelo, que llegaba en primer término hasta casi el borde inferior de la pintura. Es ahora cuando se podría situar el cambio de lugar del soldado romano. En la reflectografía infrarroja se observa el estarcido de la figura más hacia el interior del cuadro, parece que vestida de igual forma, y con el casco y la colocación del manto ya perfilados.

En la última etapa del proceso creativo, en muchos casos, el pintor no sólo modificó el dibujo realizado por medio del estarcido sino que agregó personajes, el paisaje del fondo y elementos arquitectónicos. Lo hizo a mano alzada y a pincel, con una materia muy diluida que fue aplicada de una manera rápida y suelta, como se aprecia en las seis figuras sobre la terraza, encima de la galería de arcos de medio punto.