El conjunto consta de cinco tablas: la central con los santos titulares, San Juan y Santa Catalina, de pie, con seis figuras de guarnición, cuatro de Apóstoles, Pedro, Pablo, Bartolomé y un apóstol sin identificar, y dos de los santos Lorenzo y Antón. En las cuatro tablas laterales se representa, a la derecha, el Martirio de Santa Catalina, donde se ve a los ángeles rompiendo las ruedas de cuchillas, y la escena posterior de la Decapitación de Santa Catalina. En la parte de la izquierda se puede observar el Baile de Salomé ante Herodes, y la Decapitación de San Juan Bautista. Estas cinco tablas del Prado formaron parte de un retablo de la Catedral de Sigüenza, donde todavía se conservan el resto de piezas que lo completarían: la predela de los profetas, la Crucifixión, las otras cuatro escenas laterales: el Nacimiento de San Juan Bautista, Santa Catalina y los verdugos y dos tablas muy recortadas que representan el Anuncio a Zacarías y Santa Catalina ante el emperador, además de los santos de las entrecalles superiores: Gregorio, Jerónimo, Agustín, Francisco, Ambrosio, Águeda, Bárbara, Elena y Apolonia.

El conjunto sirvió de base para definir la personalidad del maestro de Sigüenza, bautizado así por Post; Gudiol lo identificó con Juan Hispalensis que firma un tríptico del Museo Lázaro Galdiano, que piensa puede ser el mismo Juan de Peralta que firma algunas otras obras de análogo estilo y de más pobre calidad. Ramos Gómez descarta que Juan de Sevilla y Juan de Peralta sean la misma persona, ya que sus estilos están bien diferenciados, a pesar de existir relaciones entre ambos, quizás por ser Peralta un discípulo de Juan de Sevilla.

Originalmente, el retablo pintado por Juan de Sevilla fue realizado para colocarse en la Capilla de San Juan Bautista y Santa Catalina, un lugar destacado de la catedral, en el espacio que ocupaba uno de los cinco ábsides de la primitiva cabecera del edificio románico. En la actualidad las tablas de la Catedral de Sigüenza se han sacado de la capilla y se han colocado en el muro sur del crucero, muy cerca de su emplazamiento original. Este retablo fue costeado a principios del siglo XV por algún miembro relevante de la familia de los Infantes de la Cerda, que recibió el uso de la capilla en aquel momento de parte del cabildo catedralicio. Debido a la falta de mantenimiento de la capilla por la familia de la Cerda, la fundación fue transferida a los Arce en 1487. A partir de ese momento destaca como promotor de la renovación y readaptación de la capilla Fernando Vázquez de Arce, prior de Osma y obispo de Canarias, que promovió casi todas las obras de la capilla. A principios del siglo XVI el retablo se cambia de sitio, colocándose entonces en el muro este de la capilla, frente a la entrada. Es entonces cuando se encarga a otro pintor la renovación de los rostros de algunas de las figuras del retablo, para acomodarlos mediante estos repintes a los gustos estéticos de los nuevos tiempos, sin perder el carácter general arcaico del retablo. Dentro de este proceso de apropiación-asimilación del retablo, que había sido encargado el siglo anterior por la familia de la Cerda, se inscribe la sustitución de los escudos de la Cerda por los de los Arce-Sosa y la intervención del segundo pintor en los rostros de varios personajes, destacando su adaptación de los rostros del San Juan Bautista y Santa Catalina, aunque también se aprecian sus repintes en la tabla de la Decapitación de Santa Catalina, en el rostro de la santa, el emperador Majencio y uno de los testigos de la escena, cuya expresión es bien distinta de las caras góticas de Juan de Sevilla. Ramos Gómez atribuye la autoría de los repintes a Juan Soreda, que renovaría los rostros por encargo de Fernando de Arce, dentro de las labores de decoración y ennoblecimiento de la capilla recogidas en la concordia entre Fernando de Arce y el cabildo saguntino el 7 de febrero de 1518. La similitud formal entre los rostros renovados del retablo del Prado y otras obras de Soreda como el Retablo de Santa Librada en Sigüenza avalan esta atribución.

Las cinco tablas del Prado ingresaron en el Prado en momentos diferentes. La tabla central con San Juan Bautista y Santa Catalina debió salir de la Catedral en torno a 1922. Poco después la tabla aparece en la colección de Wenceslao Retana (1862-1924), pasando a su muerte a su hijo Álvaro Retana (1890-1970) que la puso en venta en la casa de antigüedades Linares, donde fue adquirida en 1929 por el Patronato del Tesoro Artístico Nacional, para el Museo del Prado. Las cuatro tablas restantes, de idéntica historia y procedencia, fueron compradas por el Museo del Prado al anticuario Sánchez Villalba, en 1930.

Ramos Gómez, Francisco Javier, La renovación de Juan Soreda en el 'Retablo de San Juan Bautista y Santa Catalina' del Museo de Prado y la Catedral de Sigüenza. Boletín del Museo del Prado, 2018, p.6-18 fg.1,3-7