Figura de algo más de medio cuerpo, de perfil y con la cabeza elevada al cielo. Los brazos y manos se extienden en signo de admiración y sorpresa. Viste el santo un pobre hábito gris y la cabeza cubierta con la estrecha capucha. Una intensa luz que llega desde el ángulo superior izquierdo ilumina de manera contrastada al santo, cuyo rostro aparece emocionado ante lo que intuimos una visión celestial. Como contraste, el fondo que envuelve al personaje se concibe en un tono muy oscuro, sin matices cromáticos. La pintura ilustra el momento en que san Francisco recibe los estigmas cristológicos, fruto de la visión sobrenatural que tuvo en septiembre de 1224 en su retiro en el monte Alverna, en el valle italiano de Casentino. Se conmemoraba la fiesta de la Exaltación de la Cruz y el santo de Asís meditaba sobre la Pasión de Cristo. Una seráfica aparición provocó en san Francisco la imposición de las llagas padecidas por Cristo en su crucifixión. De este episodio, el Greco ideó distintas composiciones que varían en pequeños detalles, considerándose el san Francisco en éxtasis de la colección Abelló, realizado hacia 1589, aquella de la que arrancarían otras variantes posteriores. Todos estos ejemplares alcanzaron una importante aceptación en la sociedad toledana de su tiempo, lo que explica la abundancia de derivaciones, procedentes tanto del taller del maestro como de seguidores y copistas. La tela del Prado es una copia de una de esas variantes, concretamente la denominada por Wethey tipo III o tipo El Escorial, en alusión a la composición de finales de la década de los ochenta que se halla en ese real monasterio. En esta versión no se ha representado en el ángulo luminoso a Cristo crucificado, pasando la visión celestial a ser un asunto sobreentendido para el espectador de la época, buen conocedor del significado de este tipo de composiciones tan difundidas por el taller del Greco y, como vemos en este lienzo, por otros artistas anónimos que participaron de la fortuna de estas composiciones hasta bien avanzado el siglo XVII. Una de ellas, la de la Fundación Lázaro Galdiano (Madrid), presenta la misma solución esquemática de la visión por medio de un arco luminoso (Texto extractado de Ruiz, L.: El Greco en el Museo Nacional del Prado. Catálogo razonado, Museo Nacional del Prado, 2007, pp. 242-244).