Según la inscripción en latín en el reverso en 1588, esta tabla, atribuida entonces a Jan Gossaert, fue adquirida ese año por el magistrado de Lovaina a los agustinos de la ciudad para regalarla a Felipe II en señal de gratitud por haber eximido los impuestos y tasas durante doce años a los habitantes de Lovaina, asolados por la peste en 1578. Llevados por su deseo de obsequiar a su rey con algo que fuera de su gusto, optaron por una pintura. Como era de todos conocido el aprecio que Felipe II sentía por la pintura flamenca antigua, se trató de adquirir una obra de calidad. El encargo de seleccionarla se encomendó a dos pintores, Jan de Rillaert y Lenaert de Marienberghe, que llegaron a la conclusión de que La Virgen de Lovaina era una de las joyas más excepcionales, de Gossaert.

Debido a la inscripción del reverso, en la que se hacía constar que la había pintado Jan Gossaert, en principio se creyó que este dato era incontestable, por tratarse de una referencia del mismo siglo y de la misma ciudad para la que se hizo. En cambio, ahora se considera que su estilo no se corresponde con el de Jan Gossaert, sino con el de Barend van Orley, como sugirió Friedländer, que la atribuyó a este último y la fechó en torno a 1520.

La arquitectura renaciente, artificiosa y poco proporcionada a las figuras que muestra la tabla, es propia del estilo de Barend van Orley en torno a 1520, influido ya por Rafael. Pero esto no impidió al pintor utilizar modelos y símbolos propios de la tradición flamenca e incluirlos dentro de una composición piramidal renacentista, como hizo aquí con María y su Hijo.

Frente a lo que sucedió con otras obras que se trajeron a España en la segunda mitad del siglo XVI, respecto a esta tabla se conoce su procedencia y las circunstancias en las que llegó a manos de Felipe II. Sin duda, por las características de la donación, no se entregó al monasterio de El Escorial hasta el año de la muerte de Felipe II, en 1598, y permaneció en él hasta que se llevó al Museo del Prado en 1839 (Texto extractado de Silva, P.: Pintura flamenca de los siglos XV y XVI. Guía, Museo Nacional del Prado, 2001, p. 126).