La sinceridad y objetividad con las que el artista se enfrentaba al natural quedan reflejadas en sus dibujos, normalmente a lápiz y sólo en ocasiones a pluma, completados a veces con toques de color mediante acuarela. En ellos, el artista recogía normalmente sus impresiones de manera rápida pero certera, anotando con frecuencia el lugar y la fecha, e incluso algunas valoraciones o comentarios sobre el viaje o sobre el motivo ante el que trabajaba. Por su amplitud y variedad constituyen un muestrario sobre las costumbres y tipos populares de diferentes lugares de nuestra geografía, y resultan de gran valor etnográfico y antropológico por el carácter descriptivo y minucioso con el que fueron realizados. Este interés ya fue reseñado por sus contemporáneos, algunos de los cuales defendieron la utilidad de sus dibujos, no sólo como documento testimonial sino también como trabajo pedagógico para los jóvenes.

El corpus de sus dibujos identificados está cercano al centenar, una cifra meramente orientativa, dadas las dificultades de localización y la pérdida de algunos de sus álbumes y cuadernos de trabajo. A su muerte, los testamentarios, mediante sello circular impreso, autentificaron debidamente todos los que quedaron en su taller, y muchos de ellos se mantuvieron entre sus herederos. Comenzaron a dispersarse en la década de 1970, cuando sus descendientes vendieron o donaron diferentes lotes a diversas instituciones y museos.

Por el carácter que adquieren en el conjunto global de su obra, los dibujos constituyen la parte de mayor interés y aquella en la que el carácter de Araujo se muestra con mayor sinceridad, a diferencia de las obras pictóricas. Éstas siempre fueron consecuencia de un arduo proceso de documentación en el que, a través del dibujo, se estudiaban los tipos humanos, sus actitudes y sus gestos, así como los animales y otros objetos de la realidad cotidiana. Muchos dibujos nacieron simplemente como impresiones de viaje, y por eso poseen una instantaneidad que desaparecía cuando se trabajaba en el taller. Algunos de ellos se convirtieron, poco después, en motivo de inspiración para un cuadro o su realización ya obedecía a una idea previa del pintor, si bien en otros casos empleó en sus composiciones dibujos realizados años atrás. Araujo nunca se enfrentaba al cuadro hasta que había estudiado pacientemente los diferentes elementos que lo integrarían, así como la composición, que también trabajaba previamente en dibujos (Texto extractado de Martínez Plaza, P. J.: "Joaquín Araujo Ruano (1851-1894:) Nuevas aportaciones a su vida y obra", I Congreso Nacional Ciudad Real y su provincia, 2015, tomo III, pp. 261-262).