El Fausto de Goethe fue fuente de inspiración para numerosos pintores españoles del siglo XIX que representaron a los distintos protagonistas en las más variadas situaciones. Puebla eligió hacerlo con Margarita en la catedral.

En el interior de un templo de traza gótica en el que la luz se filtra a través de unas vidrieras de cristales azulados, Margarita en el centro de la escena sufre las insidias de Mefistófeles. La iglesia está llena de feligreses que rezan ajenos a cuanto está sucediendo. Uno de ellos, el anciano arrodillado a la derecha, no es otro que el modelo utilizado por Puebla para representar Almirante en El primer desembarco de Colón en América (P06766).

Bajo el púlpito, que centra la composición, Margarita vestida de blanco se desmaya dejando caer al suelo el libro de rezos. Ella había acudido al templo en busca de consuelo tras haber cedido a los impulsos de su corazón ante los requerimientos de Fausto, pero Mefistófeles -que aparece completamente vestido de rojo- no está dispuesto a dejar escapar su presa.

Esta misma escena fue tratada también de un modo parecido por Domínguez Sánchez y ambas recuerdan las ilustraciones que sobre el asunto había realizado Delacroix.

En el cuadro de Puebla donde predomina una paleta de tonos pardos sobresalen casi únicamente los blancos, muy iluminados y los rojos de las ropas de los protagonistas. Está muy cuidado el dibujo, sobre todo en los rostros de los feligreses arrodillados que los ha realizado con esmerado detalle, como si se tratara, en algunos, de verdaderos retratos. (Texto extractado de Elorza Guinea, J.C. Dióscoro Puebla (1831-1901), Burgos, 1993)