Pintada para el retablo mayor del Colegio de la Encarnación (Madrid), un seminario agustino más conocido por el nombre de su fundadora, doña María de Córdoba y Aragón (1539-1593). La Anunciación (P3888) se encontraba en la parte central del piso inferior del retablo, flanqueada por la Adoración de los Pastores (actualmente en Bucarest) y este Bautismo, mientras que en el centro del piso superior se situaba la Crucifixión (P823), y a ambos lados de esta la Resurrección (P825) y el Pentecostés (P828). Según los textos evangélicos, tras ser bautizado Jesús con el agua del río Jordán se abrieron los cielos y se vio al Espíritu Santo descender en forma de paloma y posar sobre él, al tiempo que una voz venida de los cielos decía: Éste es el Hijo mío, el amado, en quien me complazco (Mateo, 3, 16-17). El Greco ha representado en esta obra el momento en que san Juan vierte el agua sobre la cabeza de Jesús, y la complacencia gozosa de Dios Padre. Para ello, el artista ha concebido una escena marcada por la imbricación de los registros terrenal y celestial, en línea con las otras dos telas que ocupaban el piso inferior del retablo de doña María de Aragón. Elemento fundamental para esta conexión espacial es la presencia de los ángeles que acompañan a los personajes fundamentales de la escena: Jesús, el Bautista y Dios Padre. Muchos de ellos repiten las disposiciones con las que aparecen en otras pinturas del cretense, siendo los más significativos los ángeles adultos con las manos recogidas en el pecho en señal de reconocimiento, pero también los acrobáticos querubines, que aparecen como ráfagas de luz en el espacio intermedio. Se han incluido además un grupo de ángeles que sostienen sobre la cabeza de Cristo un paño rojo, posible alusión al sacrificio martirial que se dispone a emprender Jesucristo. Cerca del Bautista, de ascética y descarnada anatomía, se sitúa un hacha apoyada en un tronco, referencia al sermón de san Juan tras el bautismo de Jesús: Dios puede hacer de estas piedras hijos de Abraham. Ya está puesta sobre el hacha la raíz de los árboles, y todo árbol que no dé fruto será cortado y arrojado al fuego (Mateo, 3, 7-10). La obra está firmada en el papel fijado en la roca en la que se apoya Jesucristo.